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針對(duì)ctDNA的MRD檢測(cè)廣泛應用,你參與了嗎?

原載自:www.haibayinye.com[技術(shù)資料頻道]  2022-06-16  瀏覽次數(shù):1398

MRD是指治療后體內(nèi)殘留的腫瘤細(xì)胞或者標(biāo)志物橫向協同,通常的翻譯有3種哪些領域,微小殘留病灶(Minimal Residual Disease)、可檢測(cè)殘留病灶(Measurable Residual Disease)不斷創新、分子殘留病灶(Molecular Residual Disease)建立和完善。

微小殘留病灶(Minimal Residual Disease)一詞最早是出現(xiàn)在血液瘤中,是指治療后殘留的腫瘤細(xì)胞很少參與水平,很微小大型,常規(guī)檢測(cè)的靈敏度不足以檢測(cè)到,一般是由于藥物不應(yīng)答明確相關要求、藥物耐藥等等原因重要意義,因此此時(shí)MRD的檢測(cè)可以是分子檢測(cè)(比如NGS),可以是表面標(biāo)志物檢測(cè)(比如NGF)深化涉外。而可檢測(cè)殘留病灶(Measurable Residual Disease)則側(cè)重于可檢測(cè)到的角度體系,對(duì)殘留病灶的研究限于可以檢測(cè)到的前提下,而后的分子殘留病灶(Molecular Residual Disease)主要是指分子診斷可以檢測(cè)腫瘤的殘留開展試點,主要是通過對(duì)ctDNA的檢測(cè)攜手共進,這個(gè)時(shí)候適用于血液瘤和實(shí)體瘤。

圖1.png

MRD是腫瘤耐藥研究、復(fù)發(fā)的重要因素高效,是預(yù)后判斷的重要指標(biāo)。在2021年版非小細(xì)胞肺癌MRD檢測(cè)的專家共識(shí)中提高,有一段描述:在一項(xiàng)前瞻性多中心研究中機構,共入組101例帶有體細(xì)胞突變的早期乳腺癌患者,通過dPCR動(dòng)態(tài)追蹤術(shù)后血漿ctDNA交流,結(jié)果提示ctDNA陽性與患者疾病復(fù)發(fā)明確相關(guān)【風(fēng)險(xiǎn)比HR=25.2基礎,95%可信區(qū)間CI 6.7-95.6, p<0.001】還不大,且ctDNA較影像學(xué)提前預(yù)示疾病復(fù)發(fā)高產,中位10.7個(gè)月(95% CI 8.1-19.1個(gè)月)。另一項(xiàng)入組130例II-III期結(jié)腸癌的多中心隊(duì)列研究中發揮作用,通過多重PCR捕獲的NGS監(jiān)測(cè)患者切除術(shù)后ctDNA狀態(tài)良好,結(jié)果提示術(shù)后30天ctDNA陽性患者復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)遠(yuǎn)高于陰性患者(HR=17.5,95% CI 5.4-56.4,p<0.001)引領。


ctDNA的MDR檢測(cè)現(xiàn)狀

現(xiàn)有的針對(duì)ctDNA的MRD檢測(cè)主要有2條技術(shù)路線:tumor-agnostic -assays(腫瘤未知分析)和tumor-informed assays(腫瘤知情/先驗(yàn)分析)自動化裝置,其中tumor-agnostic -assays僅對(duì)血漿檢測(cè),利用的是固定的panel(一般為驅(qū)動(dòng)基因和靶向藥物基因應用前景,也會(huì)多組學(xué)方法)和分析方法對(duì)ctDNA做檢測(cè)有很大提升空間,做分析,代表產(chǎn)品Guardant Health公司的Guardant Reveal首次;tumor-informed assays需要對(duì)原發(fā)腫瘤組織進(jìn)行測(cè)序(一般為WES)可能性更大,來鑒定患者的特異基因組變異圖譜,然后再定制個(gè)性化的panel搖籃,針對(duì)ctDNA做檢測(cè)技術,也就是說需要對(duì)組織和血漿都做檢測(cè),代表產(chǎn)品為Natera公司的Signatera推動。國(guó)內(nèi)IVD公司對(duì)MRD的檢測(cè)技術研究,截至發(fā)稿前,小編遇到的tumor-informed assays為多開展研究。

圖2.png

MRD技術(shù)難度很大的一個(gè)方面是對(duì)超低頻突變的檢測(cè)能力和穩(wěn)定性,以非小細(xì)胞肺癌為例相互融合,在早期NSCLC患者血漿中位cfDNA的濃度為7.69ng/mL培養,換算在10mL血漿(20ml全血)中含有大概20,000個(gè)單倍體基因組(3.3pg),考慮到cfDNA建庫時(shí)的損耗以及至少存在2條相同的變異基因序列更加完善,10mL血漿中ctDNA檢測(cè)到的極限分子信號(hào)為0.02%水平形式。另外,從TRACERx研究數(shù)據(jù)推算支撐作用,在1cm3體積的腫瘤情況下, 10mL血漿中大概含有2條腫瘤來源DNA分子日漸深入。因此,在NSCLC中進(jìn)行MRD檢測(cè)時(shí)同時,該檢測(cè)方法必須可穩(wěn)定檢測(cè)出豐度≥ 0.02%的ctDNA互動式宣講。這里有個(gè)重要的技術(shù)策略,就是Sample Level的策略模式,對(duì)于site level的0.02%甚至更低自動化,可以通過samples Level來提高靈敏度。


科佰生物

針對(duì)ctDNA檢測(cè)的MRD診斷IVD的開發(fā)高品質,少不了的是性能評(píng)價(jià)不折不扣,自然也是少不了標(biāo)準(zhǔn)品的開發(fā),科佰生物是一家專注IVD研發(fā)中診斷陽性參考品資源優勢、檢測(cè)限參考品高效利用、精密度參考品的研發(fā)生產(chǎn)型企業(yè),針對(duì)ctDNA的超低頻標(biāo)準(zhǔn)品的開發(fā),我們計(jì)劃開發(fā)2類產(chǎn)品(Art-base and Nat-base)講理論,希望得到行業(yè)專家更多的建議的可能性。

針對(duì)tumor-agnostic-assays的檢測(cè)方法,主要還是滿足不同panel的定制標(biāo)準(zhǔn)品需求市場開拓,類似與液體活檢ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品的定制措施,可以針對(duì)性的開發(fā)針對(duì)不同癌種的panel組合,這里我們傾向納入小panel要落實好、中panel緊密相關、大panel的差異位點(diǎn)合集,同時(shí)傾向于放入致病和疑似致病的位點(diǎn)先進技術,組成合集培訓。首要解決的問題是超低腫瘤占比帶來的超低頻突變的定標(biāo)問題,我們知道dPCR的檢測(cè)限一般為0.1%宣講手段,低于0.1%的頻率一般很難與陰性相區(qū)分重要工具,因此對(duì)于超低頻的位點(diǎn)的檢測(cè)一般是使用超深度的NGS來定標(biāo),除了血液瘤外全面闡釋,國(guó)內(nèi)暫時(shí)沒有其他腫瘤獲批的MRD檢測(cè)試劑盒非常激烈,很多都是摸著石頭過河的,暫時(shí)無法通過上市的超深度的NGS試劑盒來定標(biāo)引人註目,這個(gè)沒有特別好的解決辦法領域,只能在混樣的稀釋工藝上,盡可能做到準(zhǔn)確和一致好宣講。

針對(duì)tumor-informed assays的檢測(cè)方法註入新的動力,按照工藝上的描述,是定制類的標(biāo)準(zhǔn)品開發(fā),首先針對(duì)待測(cè)樣本組織開展WES檢測(cè)雙重提升,根據(jù)檢測(cè)結(jié)果設(shè)計(jì)適合超深度ctDNA檢測(cè)的panel,比如捕獲法的話事關全面,重點(diǎn)在優(yōu)化探針的性能表現明顯更佳,同時(shí)針對(duì)已知的突變開發(fā)對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)品。同樣的規模,也會(huì)遇到超低腫瘤占比帶來的超低頻突變的定標(biāo)問題穩定發展。在此,科佰生物也是希望能在與探針設(shè)計(jì)合成的公司達(dá)成合作聯動,在復(fù)發(fā)監(jiān)測(cè)的有*效內(nèi)增持能力,完成panel的開發(fā)和性能評(píng)價(jià)。


MRD檢測(cè)意義

MRD的檢測(cè)行業內卷,針對(duì)ctDNA的檢測(cè)已經(jīng)在臨床多種腫瘤復(fù)發(fā)監(jiān)測(cè)中表征出明確的臨床檢測(cè)意義追求卓越,臨床亟待MRD的檢測(cè)試劑盒逐漸完善,幫忙指導(dǎo)患者的輔助治療,復(fù)發(fā)監(jiān)測(cè)合理需求。

 

 

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