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DPCR檢測試劑盒開發(fā)性能驗證

原載自:www.haibayinye.com[技術(shù)資料頻道]  2025-04-27  瀏覽次數(shù):544

描述

 

 

數(shù)字PCR(DPCR)是一種核酸定量技術(shù)廣泛認同,能夠在單分子水平上對DNA或RNA進(jìn)行絕對定量落實落細。與傳統(tǒng)的實時熒光定量PCR(qPCR)相比運行好,DPCR具有更高的靈敏度和準(zhǔn)確性利用好,因此在生物學(xué)研究和臨床診斷中得到了廣泛應(yīng)用去創新。



 DPCR腫瘤領(lǐng)域相關(guān)應(yīng)用 

 

 
 

DPCR腫瘤領(lǐng)域相關(guān)應(yīng)用:

 

檢測Gene Expression應用,主要是檢測mRNA的定量分析;

 

檢測Mutation(SNV和Indel)同期,可以檢測拷貝數(shù)生產效率,也可以檢測比率;

 

檢測CNV(拷貝數(shù)變異分析),相對定量使用; 

 

檢測Fusion合規意識,可以檢測拷貝數(shù),也可以檢測比率有效性;

 

 

 

科佰生物

科佰生物針對以上應(yīng)用開發(fā)對應(yīng)的檢測試劑盒創新內容,配套科佰生物的參考品,對試劑盒做性能評價力量,如下我們以EGFR T790M為例:

 

 

實驗一:LOB空白限測試

 

 

 

待測樣本:20個陰性樣本和1個NTC我有所應。分別將投入量設(shè)置為10ng和40ng,每個樣本做兩個重復(fù)進(jìn)行Bio-Rad數(shù)字PCR檢測深入實施。

圖片1.png

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圖片2.png

表2.png

 

由上數(shù)據(jù)可見:無論是10ng還是40ng調解製度,LOB控制在2拷貝以內(nèi)(一般噪音拷貝為5以內(nèi)),雜點不呈現(xiàn)劑量的依賴功能,是隨機產(chǎn)生的噪音信號應用的因素之一。

 

 

實驗二:準(zhǔn)確性測試

 

 

 

待測樣本:10個NGS驗證為陽性的樣本(編號1-10);  10個NGS驗證為陰性的樣本(編號11-20)。對20個樣本分別使用數(shù)字PCR檢測預期。

圖片3.png

 

表3.png

 

由上數(shù)據(jù)可見:

①測試10個NGS陽性樣本,檢測結(jié)果均為陽性敢於監督,陽性符合率100%,并定量檢出變異頻率結構。

②測試10個NGS陰性樣本,檢測結(jié)果均為陰性重要的作用,陰性符合率100%,定值變異頻率均為0%規模最大。

 

 

實驗三:線性范圍測試

 

 

 

1穩中求進、投入量與拷貝數(shù)、頻率之間的線性測試

首先選取50%突變頻率的EGFR T790M標(biāo)準(zhǔn)品(CBP10402)最深厚的底氣,該標(biāo)準(zhǔn)品是通過基因編輯協同控製,二等位基因,CN=2品質,編輯一條為mutation利用好,一條為WT,經(jīng)過理論值計算解決問題、Sanger測序系列、Bio-Rad DdPCR試劑盒(Assay ID: dHsaCP2000019)共同驗證,確認(rèn)為50%的頻率相互配合。

 

1.1 投入量在0.1ng~200ng間設(shè)置10個梯度空間載體,進(jìn)行數(shù)字PCR檢測(2復(fù)孔),分別考量FAM拷貝數(shù)與投入量是否線性相關(guān)相對簡便、VIC拷貝數(shù)與投入量是否線性相關(guān)重要組成部分;

 

1.2 投入量在0.1ng~200ng間設(shè)置10個梯度,進(jìn)行數(shù)字PCR檢測(2復(fù)孔),判斷是否滿足%AF=50±10%波動勃勃生機。

 

圖片4.png

表4.png

 

由上數(shù)據(jù)可見:

200 ng投入量過大助力各業,拷貝數(shù)不呈現(xiàn)線性,雖然滿足45-55%范圍提供有力支撐,但是不適合做單一通道的拷貝數(shù)判定應用;

0.1 ng投入量過小,拷貝數(shù)不呈現(xiàn)線性技術交流,同時42.59%也低于45%先進的解決方案,不適合做單一通道,也不適合做雙通道創造更多;

因此:范圍為0.5-100ng宣講活動。

 

2、線性稀釋不同頻率理論值與檢測值的線性測試

根據(jù)以上結(jié)論工藝技術,我們選取10ng作為進(jìn)一步的%AF線性范圍探索效率,首先使用EGFR T790M的對應(yīng)的陰性標(biāo)準(zhǔn)品,對50%的標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行有限稀釋近年來,0.1%-50%間設(shè)置9個AF梯度講道理,進(jìn)行數(shù)字PCR檢測(2復(fù)孔)。

 

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由上數(shù)據(jù)可見:在10ng的投入量下技術先進,AF%呈現(xiàn)非常好的線性稀釋更多的合作機會,存在波動,但是都在誤差范圍內(nèi)認為。

 

 

實驗四:檢測限測試

 

 

 

我們可以通過理論計算來預(yù)測下可能的檢測限范圍服務好。當(dāng)控制拷貝在15000(對應(yīng)50ng input)以內(nèi)時LOB數(shù)據(jù)是2,2/15000=0.0133%提高鍛煉,預(yù)測檢測限為0.0200%。

 

在如此低頻的情況下凝聚力量,臨床適用場景適合ctDNA有所提升,一般來說臨床上10ml全血,一般中位值ctDNA是20-40ng新的力量,取低值20ng先進水平。20ng 理論值6000個拷貝數(shù),2/6000=0.0333%全面展示,預(yù)測檢測限為0.0500%重要平臺。

 

0.05%的誤差范圍是±50%,就是0.025-0.075%核心技術,因此我們選擇3個點應用提升,探尋LOD分別為 0.010%、0.050%、0.100%發展的關鍵,要求95%檢出道路。

 

0.010%  

對20個0.01%的樣本進(jìn)行數(shù)字PCR檢測,觀察在0.005-0.015%以內(nèi)是否達(dá)成95%檢出多種方式。

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0.05%  

對20個0.05%的樣本進(jìn)行數(shù)字PCR檢測對外開放,觀察在0.025-0.075%以內(nèi)是否達(dá)成95%檢出。

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0.1%  

對20個0.1%的樣本進(jìn)行數(shù)字PCR檢測深入交流研討,觀察在0.05-0.15%以內(nèi)是否達(dá)成95%檢出資料。

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表6.png

 

由上數(shù)據(jù)可見:選擇0.05%作為該檢測試劑盒的檢測限LOD。

 

 

實驗五:精密度測試

 

 

 

選取強陽性2%樣本20個關註度,中陽性1%樣本20個橫向協同,弱陽性0.2%樣本20個分別進(jìn)行數(shù)字PCR檢測。

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圖片10.png

圖片11.png

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由上數(shù)據(jù)可見:強陽性2% 更讓我明白了、中陽性1% 迎難而上、弱陽性0.2%三種檢測體系下,誤差均在合理的范圍內(nèi)探索,精密度良好堅持先行。

 

 

實驗六:回收率測試

 

 

 

首先使用EGFR T790M的對應(yīng)的陰性標(biāo)準(zhǔn)品,對50%的標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行有限稀釋滿意度,每個梯度使用陰性樣本兩倍稀釋情況較常見,接著對11個樣本進(jìn)行檢測。

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由上數(shù)據(jù)可見:當(dāng)AF在0.05%-50%范圍內(nèi)主要抓手,對應(yīng)的回收率在80-120%范圍體製,符合預(yù)期

 

 

實驗七:重復(fù)性測試

 

 

 

取10個不同AF(1%~50%)的標(biāo)準(zhǔn)品樣本創新科技,分別安排實驗員A服務延伸、實驗員B在同一天,每人進(jìn)行四次檢測具有重要意義。

 

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由上數(shù)據(jù)可見:EGFR T790M檢測體系是穩(wěn)定可重復(fù)的檢出的進一步。

 

 

實驗八:重現(xiàn)性測試

 

 

 

取10個不同AF(1%~50%)的標(biāo)準(zhǔn)品樣本,分別安排①實驗員A強大的功能、實驗員B在同一天進(jìn)行每人四次實驗測試實際需求;②實驗員A在第一天、第二天分別進(jìn)行四次實驗測試優勢;③實驗員A在第一天進(jìn)行四次實驗測試善謀新篇,實驗員B在第二天進(jìn)行四次實驗測試。

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由上數(shù)據(jù)可見:EGFR T790M檢測體系是穩(wěn)定可重復(fù)的在不同人便利性、不同時間檢出方法,重現(xiàn)的高產。

 

      科佰生物已經(jīng)開發(fā)了多款dPCR試劑盒檢測體系,并利用自身的標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行了性能驗證力度∶鞔_了方向?捎糜诨蛲蛔儯诤嫌绿叫侣?,拷貝數(shù)變異等的檢測單產提升。同時,我們可以提供dPCR檢測的科研服務(wù)試驗,基于其絕對定值勞動精神、精準(zhǔn)定量的強大優(yōu)勢,為客戶的樣本檢測提供優(yōu)質(zhì)服務(wù)製度保障。

 

 

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